В кінці 70-х років 19 століття у Чернівцях з’явилися перші місіонери єзуїтів. У 1885 р., архієпископ Зигмунт Щесни Фелинськи офіційно звернувся до Товариства єзуїтів з проханням сприяти поширенню діяльності отців-єзуїтів також на територію Чернівців. Серед цивільних осіб, які сприяли діяльності єзуїтів, можна виділити наступних: бургомістр краю барон Піно де Фриденталь, бургомістр Чернівців Антон Кохановський, професори університету Хіллер, Скедел та Холбан, військовий лікар Поллак, військовий капелан капітан Хіммель, лікар Майер, аптекар Крижановськи, полковник Тум, придворний радник барон Фекете, директор крайового банку Пашкіс.
На початку вересня 1885 року священиком єзуїтів був призначений отець Симон Тиховськи. Перші служби він проводив у маленькій каплиці. Кількість послідовників єзуїтів росла, з’явилася необхідність негайного будівництва нового костелу. Ініціатива належала отцеві Францишеку Ксав’єру Еберхарду. Під будівництво костелу міська влада подарувала єзуїтам земельну ділянку, на якій раніше солдати 41-го буковинського полку проводили свої практичні заняття.
Автором проекту костелу став директор Чернівецької вищої Промислової школи (зараз — це приміщення середньої школи № 4) професор Ляйцнер. Кошти на будівництво складалися з пожертвувань місцевих віруючих та високопоставлених осіб, а також пожертвувань віруючих з сусідньої Галичини. Початкову вартість будівлі архітектор Ляйцнер визначив у 160 тис. злат. В кінцевому результаті, разом зі скульптурами, дзвонами, більшим органом, і резиденцією, що була побудована з тильного боку костелу, вартість склала 208 тис. злат.
Освячення костелу відбулося 7 червня 1891 року.