Напередодні відкриття в Університеті нового 1940/41 навчального року (першого за радянської окупації) стан справ в університеті заслухали на Бюро обкому партії. Стенограма та рішення з даного питання збереглися, то ж можемо уявити в якій ситуації довелося працювати університетові.
Відповідно до ухваленого партією рішення, в Чернівецькому університеті передбачалося ліквідувати теологічний факультет, а юридичний факультет об’єднати з юридичним факультетом Львівського університету. При тому, що із 1553 студентів, які навчалися в університеті у 1939/1940 роках, 72% (1133) навчались на теологічному та юридичному факультетах.
Одночасно практично з нуля було створено 6 нових факультетів: історичний, філологічний, фізико-математичний, хімічний, геолого-географічний та біологічний.
Викладачі, які працювали в Університеті, напередодні приходу червоної армії завбачливо виїхали до Румунії (залишилося тільки двоє). Тому Університет потребував 61 професора та 53-х робітників педагогічного складу. 37 викладачів та 44 особи допоміжного складу прибули зі східних регіонів України, ще 24-х викладачів та 9 лаборантів не вистачало, а 5 кафедр не мали завідуючих. Лише 7 викладачів знайшли собі самостійно житло, інші 29 жили в гуртожитках, у зв’язку з чим настрій у них був «не хороший». Але партія обіцяла за кілька днів питання вирішити – через виїзд німців та відступ румунів житло для новоприбулих за потреби знаходилося.
Підручники мали надійти і університетів з інших регіонів України, але на той час ще не надійшли.
Студенти старших курсів не знали української мови, натомість викладачі, які прибули, знали лише українську та російську. Тому кожному педагогу рекомендувалося, готуючись до лекції, готувати переклад окремих слів та навіть цілих речень німецькою.
Мав університет 7 гуртожитків на 450 студентів (2 гуртожитки на 180 чоловік ще не були передані).
З 1 жовтня обіцяли почати роботу і їдальня на 600 осіб.
Претендував університет на приміщення німецької школи навпроти Третього корпусу університету, яка мала спортзал та спортмайданчик. Лише чекали поки виїдуть німці.
У зв’язку з ліквідацією теологічного факультету, який єдиний розміщувався на території Резиденції, станом на кінець вересня 1940 року приміщення теологічного факультету університету не повернули.
Щодо першокурсників, на час засідання приймальна комісія ще працювала, водночас вже було набрано 318 студентів, з них 62 – із селянських родин. Тих, у кого батьки мали найману робочу силу, в університет не приймали. Із поданих заяв до вступу 25% – українці та 60% – євреї (в попередній рік із 1553-х студентів було 1115 румунів та 55 українців).